গত ২ জুন শুক্রবার সকাল ১০টা ৪০ মিনিটে তিনি নিজ বাড়িতে ইন্তেকাল করেন। মাওলানা ইউসুফ শ্যামপুরী দীর্ঘদিন থেকে তিনি নানা রোগে আক্রান্ত ছিলেন।
মৃতুকালে তিনি স্ত্রী, ৫ পুত্র, ৩ কন্যা সন্তানসহ বহু আত্মীয়-স্বজন, গুণগ্রাহী এবং মাদ্রাসার অসংখ্য শিক্ষার্থীসহ সহকর্মী রেখে গেছেন।
ওই দিন রাত ৯ টায় হরিপুর বাজার মাদ্রাসা মাঠে মরহুমের জানাজার নামাজ অনুষ্ঠিত হয়।
জানাজার নামাজ পড়ান তাঁর ছেলে মাওলান হারুনুর রশীদ।

জানাজার নামাজে উপস্থিত ছিলেন জৈন্তাপুর উপজেলা পরিষদের চেয়ারম্যান ও উপজেলা আওয়ামী লীগের সভাপতি কামাল আহমদ, কানাইঘাট উপজেলা পরিষদের চেয়ারম্যান আব্দুল মুমিন চৌধুরী, জৈন্তাপুর উপজেলা পরিষদের সাবেক চেয়ারম্যান জয়নাল আবেদীন, উপজেলা পরিষদের ভাইস-চেয়ারম্যান বশির উদ্দিন, সাবেক ভাইস-চেয়ারম্যান মুহিবুল হক মুহিব, জৈন্তাপুর উপজেলা নির্বাহী অফিসার আল-বশিরুল ইসলাম, জৈন্তাপুর মডেল থানার অফিসার (ইনচার্জ) ওমর ফারুক, ফতেপুর ইউনিয়ন পরিষদের চেয়ারম্যান রফিক আহমদ।
এছাড়া, বৃহত্তর জৈন্তিয়ার বিভিন্ন ইউনিয়নের বর্তমান ও সাবেক জনপ্রতিনিধিগণ, বিভিন্ন রাজনৈতিক দলের নেতৃবৃন্দসহ বিপুল সংখ্যক আলেমেদ্বীন, মাদ্রাসার শিক্ষার্থী, সমাজের গণ্যমান্য ব্যক্তিবর্গ অংশ গ্রহণ করেন। পরে তাঁকে মাদ্রাসা গোরস্থানে দাফন করা হয়েছে।
এদিকে, মরহুম মাওলানা ইউসুফ শ্যামপুরীর ইন্তেকালে গভীর শোক প্রকাশ করেছেন সিলেট-৪ আসনের সংসদ সদস্য প্রবাসী কল্যাণ ও বৈদেশিক কর্মসংস্থান মন্ত্রী ইমরান আহমদ এমপি, জৈন্তাপুর উপজেলা পরিষদের চেয়ারম্যান ও উপজেলা আওয়ামী লীগের সভাপতি কামাল আহমদ, সাধারণ সম্পাদক এম লিয়াকত আলী, জৈন্তাপুর উপজেলা পরিষদের সাবেক চেয়ারম্যান জয়নাল আবেদীন, জৈন্তাপুর প্রেসক্লাব সভাপতি নূরুল ইসলাম ও সাধারণ সম্পাদক আবুল হােসেন মো: হানিফ।
নেতৃবৃন্দ মরহুম মাওলানা ইউসুফ শ্যামপুরী’র রুহের মাগফেরাত কামনা করে তাঁর শোকসন্তপ্ত পরিবারের প্রতি গভীর সমবেদনা জানান।